En marzo de 2007, se inició una nueva era para la selección paraguaya con la asunción del argentino Gerardo Tata Martino como director técnico. Tras la dimisión de Gerardo Pelusso, Víctor Genes es nombrado nuevo director técnico de la selección paraguaya de manera interina. Finalmente cerró su participación cayendo por 1 a 0 en un disputado encuentro ante España, selección que más tarde ganaría el torneo. El Club Atlético Newell’s Old Boys de Argentina obtiene el Torneo Apertura, lo que lo habilita a disputar la final del Torneo Integración 1990/1991 frente al Club Atlético Boca Juniors, a quien vencería en dicha instancia. El gran rival del Bayern es el Borussia Dortmund, con el que disputa el partido conocido como «Der Klassiker» -trad. En este partido nuevamente el equipo rival dispuso de un mayor control del juego pero no fue capaz de marcar ningún tanto. Sin embargo mantenían una pequeña esperanza de clasificar como mejores terceros pero para esto dependía de resultados en este caso del partido del grupo C entre Ecuador y Japón donde ambos igualaron 1-1 quedando ecuatorianos y japoneses eliminados y clasificando matemáticamente a Paraguay a los cuartos de final. El equipo dirigido por el uruguayo Sergio Markarián terminó en el segundo lugar de su grupo y posteriormente fue eliminado por Ghana en los cuartos de final.
Sin embargo, tras la inesperada derrota sufrida como local por 0-4 ante Colombia en la última fecha de la competencia (estando ya clasificado de antemano), la Asociación Paraguaya de Fútbol decidió destituir al entrenador uruguayo y en su reemplazo contrató al italiano Cesare Maldini, para dirigir a la Albirroja en el Mundial. El primer triunfo se dio ante Perú en la siguiente fecha por 1-0 cerrando de manera optimista el año 2012. Ya en 2013 hubo empate en Uruguay y derrota en Ecuador por 4-1 y el ambiente con la prensa se hizo difícil. Por mundiales los duelos fueron 5 y la ventaja también es para Inglaterra, que ganó 3 encuentros, camisetas de fútbol baratas con un empate y un triunfo albiceleste. En dicha final, Uruguay fue muy superior y venció a los paraguayos 3-0 para así culminar una excelente actuación en la Copa América, a pesar de no haber logrado triunfo alguno en sus 6 presentaciones.
Se repondría frente a Japón con una gran goleada de 4 – 0 el 2 de julio de 1999 con goles Roque Santa Cruz y el Peque Benítez, ambos en dos oportunidades, y derrotaría finalmente a Perú en el último encuentro por 1 a 0 en una noche de neblina el día 5 de julio de 1999, nuevamente con el gol de Santa Cruz, faltando solo 3 minutos para el final, terminando primero en el grupo A con 7 puntos. Estos resultados dieron como saldo la clasificación para disputar la instancia de octavos de final, por cuarta vez en su historia. De esa forma, el cuadro albirrojo hacía historia al lograr una inédita medalla de plata olímpica para el deporte de su país. Y el ya citado Anatoli Býshovets, que consiguió la segunda medalla de oro olímpica del combinado, significando un gran final para la etapa soviética y para el auge del fútbol del este de Europa, que viviría sus mejores años desde la mitad de la década de los 50 hasta la mitad de los 80, en que no conseguiría repetir éxitos tras su disolución en distintos Estados.
Secuela con director español (instalado en Hollywood, por cierto) de las aventuras del mexicano Santiago Munez, esta vez el futbolista del Newcastle ficha por el Real Madrid, imitando el salto que David Beckham había dado en la vida real. El 12 de junio de 2016, con la eliminación del conjunto guaraní ante la selección de Estados Unidos, Ramón Díaz renuncia como director técnico, ante la seguidilla de malos resultados con el conjunto paraguayo. En los cuartos de final caería frente a Uruguay en los penales por (5 a 3), tras paridad en el tiempo regular de 1 a 1, el gol paraguayo lo marcó Benítez en aquella oportunidad, pero fallaría finalmente en el punto penal, dándole la clasificación a Uruguay. Ramón Díaz asumió en diciembre de 2014 el mando de la selección nacional y su primer desafío fue la disputa de la Copa América celebrada en Chile, en donde superó las expectativas iniciales al pasar la fase de grupos, derrotar en cuartos de final a Brasil y llegar hasta las semifinales del torneo donde perdió 6-1 vs.
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